大雨過后，大棚積水是常見問題，這不僅影響作物的正常生長，還可能導致嚴重的經濟損失。針對大棚積水問題，排水只是第一步，后續的管理措施同樣關鍵。
一、積水時間不長的棚室
這類棚室浸泡時間不太長，通常排水過后植株還可正常生長。
1.及時沖施清水：如果棚室中積水浸泡時間不太長，蔬菜苗子易因根系長時間的雨水浸泡而出現漚根的情況。建議排水過后及時沖施一遍清水（不帶任何肥料），為根系提供充足的氧氣，減少根系的腐爛發熱及死棵現象，即“澇澆園”。未鋪設地膜的地塊進行劃鋤，以利于土壤散墑及疏松土壤，劃鋤后可再沖一次水（或帶少量肥料）。以后的管理中則要正常管理，沖施肥料。
2.防治病害：排水過后，土壤中病菌較多，土壤通透性較差，為防止植株在后面的生長過程中出現死棵現象，也可選用防治根腐病及枯萎病或軟腐病的藥劑進行灌根或沖施。
3.清洗葉片：如果蔬菜植株及葉片上面有較多的泥水，會影響植株進行光合作用，建議沖清水后，可用噴霧器進行清洗，覆著較多的葉片可多次連續沖洗葉片。
二、浸泡時間過長導致苗子出現死棵的棚室
如果棚室出現苗子漚根或根系生長不良（毛細根少，根系變黃變褐）或死棵現象，或植株出現葉片失水萎蔫現象，建議換苗重栽。此類植株即使還存活，但生長后期可能會出現植株死棵、病害或開花座果不良的情況，影響后期的管理。
1.深翻或晾曬土壤：苗子定植前，建議將大棚土壤進行深翻或晾曬，重新定植的植株需要泡盤或定植后灌根，可選擇銅制劑加惡霉靈或甲霜靈等藥劑進行病害的預防。
2.清洗和消毒基質：無土栽培的地塊在換苗前沖施兩遍清水清洗基質，水泡后綠苔重，需要將基質進行重新消毒（高溫晾曬或藥劑處理為宜）。
三、土壤肥料施用
1.少量多次施用肥料：已經定植后的大棚土壤經過兩次或多次雨水浸泡后，會出現肥料隨水流失的情況，土壤肥力可能會降低，為避免出現植株脫肥情況，建議少量多次施用肥料，并增加生物菌以活化土壤，同時輔以葉面追肥，保證蔬菜正常生長所需的各種營養。
2.重新施用底肥：施用底肥后準備定植的大棚，土壤經過大水浸泡后，土壤肥力不足，為保證后期植株的正常生長，建議重新施用底肥，增加有機肥的施用量，多補充生物菌，并深翻一下土壤，以保證蔬菜的正常生長。